肌肉電刺激也是電療的方式之一，它是利用適當的電流刺激肌肉，達到治療的目的。 用途：
肌肉電刺激最大的用途，是防止肌肉萎縮，尤其是神經被破壞後導致的肌肉萎縮。例如神經受到傷害之後又接合，在神經尚未回復原有的功能前，肌肉無法動作，容易萎縮、僵硬，肌肉電刺激就是使肌肉收縮，來代替原有支配此一肌肉的神經，肌肉收縮即可防止肌肉萎縮，待受傷的神經長好後，就不必再做肌肉電刺激。
肌肉電刺激最常用於週邊神經損傷（例如嚴重割傷，所造成的肌肉去神經現象，即神經無法支配肌肉動作）、顏面神經麻痺（在未回復前，如果未予刺激肌肉，容易造成臉部肌肉萎縮，導致臉歪嘴斜）等。
除了肌肉收縮外，肌肉電刺激還有很多用途及優點。例如肌肉收縮可增加骨頭的壓力，即可減緩骨質疏鬆的速度，像脊髓損傷、長期臥床的患者，因為無法站立，骨頭在沒有壓力的情況下，很快就會骨質疏鬆，肌肉電刺激可以改善這種情況。
肌肉電刺激還可預防深層靜脈栓塞，因為肌肉如果不動，靜脈的回流就不好，容易栓塞；還可改善尿失禁，對於尿失禁的患者，給予會陰部肌肉電刺激，可使尿道外括約肌收縮，訓練減少尿失禁問題。
脊髓損傷而喪失性功能的患者，電刺激取精可保有射精效果、而保有射精能力；高位脊髓損傷的患者，橫膈膜神經刺激可使橫膈膜維持動作，使患者維持呼吸的能力。
另有功能性肌肉電刺激，可藉由讓肌肉收縮，維持肌肉及關節活動的能力，經由電極的擺放，可讓壞掉的肢體再度暫時性的回復功能，例如站立必須要大腿及臀部肌肉用力，但脊髓損傷的患者無法做到，可藉由肌肉電刺激讓肌肉收縮、患者自然站起來，會使患者心理上更舒坦、減少骨質疏鬆、增加心肺功能。
功能性肌肉電刺激必須是週邊神經還好的患者才能使用，例如脊髓損傷的患者，週邊神經可能仍是健全的，所以使用上以此類患者為主；中風、腦傷等患者也可能週邊神經仍健全，但使用較有限。不過，國內則幾乎沒有人使用於此。